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Als Unternehmer wird man insbesondere dann eine Unbedenklichkeitsbescheinigung brauchen, wenn man die Ausübung ein genehmigungspflichtigen Gewerbes beabsichtigt. Denn laut Gewerbeordnung sowie einiger Nebengesetze ist für bestimmte Branchen (z. B. Bewachungs-, Gaststätten-, Makler- und Transportgewerbe) eine behördliche Erlaubnis erforderlich. Diese bekommt man aber in der Regel nur, wenn man keine Abgaben- oder Steuerrückstände in Bezug auf dieses Gewerbe hat. Mit einer Unbedenklichkeitsbescheinigung kann man einen solchen Nachweis erbringen. Weiterhin braucht man oftmals eine Unbedenklichkeitsbescheinigung, wenn man eine Reisegewerbekarte beantragen oder den Zuschlag für öffentliche Aufträge bekommen will.
Mit einer Unbedenklichkeitsbescheinigung bekommt man es auch dann zu tun, wenn man eine Immobilie erwerben will. Jeder Kauf eines Grundstückes oder einer Wohnung muss notariell beurkundet werden. Der Notar ist dabei verpflichtet, den Veräußerungsvorgang an die Finanzbehörde zu melden, die daraufhin einen Bescheid über Grunderwerbssteuer (je nach Bundesland zwischen 3,5 und 5,5 Prozent des Kaufpreises) erlässt. Nachdem die Steuer bezahlt wurde, stellt das Finanzamt eine Unbedenklichkeitsbescheinigung aus. Erst dann wird das Grundbuchamt die Immobilie auf den neuen Eigentümer umschreiben.
Je nachdem, für welchen Zweck man sie benötigt, bekommt man eine Unbedenklichkeitsbescheinigung vom Finanzamt oder der Kommunalbehörde ausgestellt. Hierfür wird häufig eine Verwaltungsgebühr im unteren zweistelligen Bereich verlangt. Sofern die Bescheinigung im ausschließlichen Zusammenhang mit einer betrieblichen Tätigkeit steht, sind deren Kosten als Betriebsausgabe abzugsfähig.